plink在GWAS的里面的用法

一.plink的下载和安装（2.0）

wget https://s3.amazonaws.com/plink2-assets/plink2_linux_x86_64_20231005.zip
unzip plink2_linux_x86_64_20231005.zip
ll

./plink2

vim ./bashrc

alias plink2='~plink2‘

source ~/.bashrc

plink2

二.plink格式的基本转化

###########插入#plink数据格式转化##########
#VCF转ped/map
plink --vcf 文件.vcf --recode --out 文件--chr-set 24

#ped/map转bim/bed/fam
plink --file wenjain --make-bed --out wenajian --chr-set 24

#bim/bed/fam转VCF
plink --bfile wenjain --export vcf --out wenajin --chr-set 24

#bim/bed/fam转ped/map
plink -bfile xian1 -recode -out xian1 --chr-set 24

#ped/map格式的文件(mydata.ped/mydata.map)，就用**–file**
#是bed/fam格式的文件(mydata.bed/mydata.fam)，就用**–bfile**
 

三.plink提取指定的染色体，SNP，样本个体

1.染色体

从bed/fam转出VCF格式的，其他的类似

plink --bfile 文件 --export vcf --chr 1 --out 文件#提取1号染色体--chr-set 24 

2.提取SNP

单纯提取的代码（这个我还没用到过，网页复制的）

plink --bfile 文件--extract SNP.txt --make-bed --out 文件

我这边是需要转成block格式画图用的，代码是

plink -file wenajin -blocks no-pheno-req#转成block格式--chr-set 24

这条命令会产生两个文件，plink.blocks 和 plink.blocks.det

3.指定样本个体的

正在弄的，注意这个ID格式得和fam格式一致

plink --bfile 文件  --keep ID.txt --make-bed --out 文件2

然后用pca作为协变量代码是

plink --bfile bed --pca 10 --allow-no-sex --out pca #提取pca
#最终得到两个文件：.eigenval 和.eigenvec
awk '{print $1,$2,$3,$4}' wenjain.pca.eigenvec >new.txt #awk提取数据
#得到想要的PCA